Главной задачей отделения является организация и проведение комплекса дератизационных и дезинсекционных мероприятий, направленных на регулирование численности мышевидных грызунов и бытовых насекомых с целью обеспечения санитарно-эпидемического благополучия населения, создания благоприятных условий жизнедеятельности человека путем уменьшения или устранения их воздействия на человека. Соблюдение методики проведения дератизационных и дезинсекционных работ в соответствии с требованиями республиканских нормативно-методических документов. Отделение дезинфекции, дезинсекции и дератизации проводит профилактическую дезинфекцию, дератизацию и дезинсекцию на объектах  различных категорий. Отделением проводится дезинфекция автотранспорта, занятого транспортировкой продовольственного сырья и пищевых продуктов. Полный охват профдезработами эпидзначимых объектов госсаннадзора.